Rubis, un garçon élégant qui déteste se battre, va essayer de gagner tous les concours de Hoenn avant Saphir, la fille du professeur Seko. Exacte opposée de Rubis et elle veut gagner tous les badges de la région d'Hoenn en 80 jours suite à un pari. Malheureusement pour eux, ils sont interrompus par deux nouvelles organisations, la Team Magma qui veut étendre la terre et la Team Aqua qui veut étendre la mer. Rubis et Saphir doivent également se soucier d'autre chose : leurs sentiments l'un pour l'autre, et un souvenir d'enfance commun, qui les a mené sur des chemins différents.