En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l’école des ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage.

Lors de l’examen de sélection des ninjas de « moyenne classe », ils se font attaquer dans « la forêt de la mort », par un mystérieux ninja, nommé Orochimaru, qui dépose une marque maléfique sur le corps de Sasuke avant de disparaître.

Naruto et Sasuke, qui se sont imposés dans les phases qualificatives de la troisième épreuve, avancent vers la finale.

Alors que le combat entre Sasuke et Gaara commence sous les yeux médusés du public, Orochimaru, sous les traits de Kazekage, enlève Maître Hokage et s’enferme avec lui à l’intérieur d’une barrière magique infranchissable.

Le plan diabolique d’Orochimaru et de ses sbires visant la destruction définitive de Konoha a commencé !!

Naruto et ses compagnons se lancent à la poursuite de Gaara et de Sasuke qui ont disparu pendant la bataille.