Byakuya, le père de Senku, quitte la station spatiale pour revenir sur Terre après la pétrification du genre humain.

Parviendra-t-il à transmettre un message à son fils à travers les millénaires, et sous quelle forme ?

Dans le présent, Senku et ses partisans se font attaquer par des assassins venus de l’empire de Tsukasa. En pleine situation de crise, ils entreprennent de forger de puissantes armes, les “lames de la science”, pour protéger le village !