Lyon, printemps 1786. Antoine Léonard Toussaint, chirurgien juré auprès du bailliage d'Orléans, est le promoteur d'une science nouvelle, la chirurgie judiciaire qui deviendra la médecine légale après la Révolution. Suite au succès retentissant de son ouvrage, le Traité de chirurgie judiciaire à l'usage des chirurgiens jurés, il a été invité par l'académie des sciences de Lyon à venir donner une série de cours au collège de chirurgie de la ville.

À peine installé à Lyon, Toussaint se voit confier l'enquête sur le meurtre du recteur Coudurier, en charge de l'apothicairerie de la Charité. Il apprend alors qu'un premier recteur a déjà été assassiné quelques mois plus tôt, dans cette même apothicairerie.

Aidé du jeune apothicaire Pierre Michelet et du commissaire Bernardin, Toussaint est confronté aux agissements criminels d'une bande qui sévit à l'intérieur et à l'extérieur de l'hôpital de la Charité pour des enjeux qui se révèlent colossaux.