Quels sont les rapports qui doivent exister entre l'État et l'Église, ou plutôt entre l'État et les Églises ? Pour répondre à cette question, la Lettre sur la tolérance emprunte la voie d'une double réflexion sur la nature de la croyance et du pouvoir. La croyance ne dépend pas de la volonté, tandis que le pouvoir, qui est essentiellement coercitif, ne peut influer sur la conduite des hommes que dans les actions où ces derniers ont la possibilité de modifier leur conduite par une décision volontaire ; or, puisque la croyance n'entre pas dans cette catégorie, elle ne fait pas partie des objets possibles de l'autorité politique. Au coeur du raisonnement qui conduit à l'idée de tolérance figure donc une thèse fort simple : nos pensées ne sont pas en notre pouvoir. Jointe à la conviction que, en matière religieuse, seule la sincérité sauve, elle constitue le fondement de la conception lockienne de la tolérance.